Ο Ιερός Ναός του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, που βρίσκεται στη νότια πλευρά του χωριού Κυδωνιά, αποτελεί τον παλαιό ναό του οικισμού που  τα βυζαντινά χρόνια ήταν μοναστήρι. Πρόκειται για μια επιβλητική πετρόκτιστη εκκλησία ,  ενώ το αξιόλογο ξυλόγλυπτο τέμπλο του και οι Αγιογραφίες  χρονολογούνται  από το  18ο αιώνα .Εξωτερικά υψώνεται ένα καμπαναριό πάνω από την κύρια είσοδο του Ναού,στο μέσο του οποίου βρίσκεται το ρολόι, ενώ στο επάνω μέρος είναι στερεωμένος ο σταυρός.